비누방울을 쫓다가 우연히 들어가게 된 동굴 속에서 아틀란티스의 부적을 발견한 스폰지밥과 뚱이는 친구들과 함께 사라진 신비의 도시 아틀란티스로 가게 되고, 그 곳에서 신기한 경험을 한다.
돈을 좋아하는 집게 사장은 금화를 한가득 챙기고, 과학적 호기심이 왕성한 다람이는 첨단 기계를 경험하고, 징징이는 예술 작품을, 스폰지밥과 뚱이는 가장 오래 된 비누 방울을 구경한다.
스폰지밥과 뚱이가 실수로 비누 방울을 터뜨리면서 위험에 빠지기도 하지만 결국 무사히 비키니 시티로 돌아오게 된다.
