아가타 카츠히라는 매립지 위에 있는 마을 스고모리에 사는 남자 고등학생이다. 다만 카즈하라에게는 특이한 점이 하나 있는데 바로 신체에 아픔이나 고통을 느끼지 못한다는 점이다. 덕분에 성격자체가 무기력해진 카츠히라는 집단따돌림이나 공갈을 받아도 될대로 되라라는 생활을 하고 있었다.
그러던 여름방학을 앞둔 어느날, 알 수 없는 수수께끼의 소녀 소노자키 노리코가 카츠하라에게 접근해온다. 거기에 더해서 소노자키는 카츠하라 주변의 반친구들 5명을 납치한다. 이들을 모아둔 채 소노자키는 '스고모리 시 키즈나 계획'을 설명하고는 카츠히라와 5명에게 특별한 수술을 시행한다.
통칭 키즈나이버가 된 카츠하라와 그의 친구들 5명의 앞으로의 운명은?
