사무라이 파이퍼의 공격으로 일찍 부모를 잃은 히로(Hiro: 리 레이놀즈 분)는 비디오게임과 축구에 만능인 말썽꾸러기 소년. 일본 닌쥬쓰의 맥을 잇는 모리타 사범은 그의 수제자 죠(Joe: 데이빗 브래드리 분)에게 조카 히로를 맡기로 휴가를 떠난다.
어느날 죠의 여자친구 리사(Lisa: 앤 듀폰트 분)가 베네수엘라로 납치를 당하고 죠의 추격전에 히로도 몰래 동행한다. 베네수엘라에서는 리사의 아버지가 개발한 살충제를 생화학 무기로 쓰려는 군당국과 이를 기회로 거금을 챙기려는 악덕업자 굴룩의 음모가 진행되는데, 리사부녀를 구출하려는 죠와 히로의 방해자는 굴룩의 심복인 사무라이 파이퍼. 부모의 원수를 갚기 위한 히로는 죠로부터 최후의 닌자가 되기 위한 난쥬스를 전수받고 죽음의 결전현장에 뛰어든다.
