살아 있는 모든 존재를 멸망으로 이끌 전쟁이 일어날 것이라는 예언의 중심에 있는 황금나침반. 각각의 서로 다른 세계 속에서 황금나침반으로 절대권력을 차지하기 위해 벌어지는 천상과 지상의 거대한 전쟁은 모든 세계를 혼돈에 휩싸이게 한다. 학자이자 탐험가인 아스리엘 경은 또 다른 세계로 갈 수 있게 해주는 미지의 물질 더스트를 노스폴에서 발견하게 되고, 이를 이용해 신세계를 찾아볼 것을 제안한다. 하지만 또 다른 세계의 존재를 부정하던 학자들 사이에서는 일대 파란이 일어나고 그의 연구를 막으려 한다. 한편, 아스리엘 경의 조카 라라는 진실만을 알려준다는 황금나침반을 얻게 되고 이에 얽힌 놀라운 예언의 진실을 모른 채, 노스폴로의 여정을 떠난다. 하지만 함께 노스폴로의 동행을 제안했던 콜터 부인이 황금나침반을 노리고 있음을 알게 된 라라는 목숨을 건 탈출을 감행하면서 점차 황금나침반의 비밀의 실체에 접근하게 된다. 진실을 말해주는 황금나침반을 지닌 채, 예언 속 전쟁을 막기 위한 험난한 여정에 오른 라라. 헥스족과 아머 베어족 등의 도움을 받아 힘을 모으지만 이를 저지하려는 어둠의 세력이 커지면서 예언 속의 거대한 전쟁, 그 서막이 열린다.
