24세기. 기계인간 보그 집단은 우주 연방의 영토를 침입한 후 지구로 향한다. 우주전함 엔터프라이즈호의 함장 피카드는 중립지대를 정찰하라는 본부의 명령을 하달 받지만, 보그와 전투를 벌이던 다른 전함의 지원요구에 위험을 불사하고 전장으로 이동한다. 결국 피카드는 다른 전함과 힘을 합해 저항하는 보그 함대를 궤멸시킨다. 그러나, 비상탈출에 성공한 보그 퀸을 비롯한 일부 보그들은 시간여행을 통해 2063년의 지구로 향한다.
2063년 4월 4일, 시간 여행을 통해 지구 상공에 도착한 보그들은 몬타나에 주재해있는 미사일 기지에 대대적인 공격을 퍼붓는다. 이 날은 인류가 외계와 처음으로 만나는 계기가 됐던 초광속 우주선 "피닉스"의 발사를 하루 앞둔 날로 보그들은 이 우주선을 파괴해, 우주연방 창설의 계기가 됐던 인류와 외계의 첫 만남을 좌절시켜, 우주의 역사를 뒤바꾸기 위함이었다. 보그들의 움직임을 주시하던 피카드는 보그들의 음모를 파악하고 시간여행을 통해 엔터프라이즈호를 2063년의 지구 상공으로 이동시킨다. 그리고 지구를 공격하는 보그 일당을 물리치고, 지상으로 내려와 손상된 "피닉스"호를 점검한다.
그러나 세계 제3차 대전으로 폐허가 되다시피 한 2063년의 인류는 미래에서 온 피카드 일행의 이야기를 믿지 못하고 "피닉스"호의 발사가 얼마나 중요한 일인지도 알지 못한다. 게다가 전멸한 것으로 알았던 보그 퀸을 비롯한 보그 일당이 손상된 보호막을 뚫고 엔터프라이즈 호에 침입한다. 전함에 이상이 발생했다는 보고에 보그들의 침입을 직감한 피카드는 지상에 피닉스 발사를 위한 일부 인원을 남기고 엔터프라이즈로 돌아온다. 그리고 피카드는 고민 끝에 자신의 우주선과 함께 보그를 파괴하기로 결심한다. 모두들 엔터프라이즈호를 떠나가자 피카드는 보그 여왕에게 잡혀있는 부하 로봇 데이터를 구하러 가지만, 오히려 데이터의 기지로 목숨을 건진다. 곧 지구에서 발사된 광속 우주선이 광속 비행을 마치고 무사히 귀환하자 우주 조사단이 지구인과 역사적인 ‘첫 만남’을 갖는다.
