넥스트 제네레이션 패트레이버 : 수도결전

어느 날 정체 불명의 미사일 공격으로 도쿄 도심과 임해부도심을 잇는 레인보우 브릿지가 폭파되는 사건이 발생한다. 포상휴가 도중 소집된 경비부 특차 2과 패트레이버 중대는 이 사건에 '그레이 고스트'가 사용되었음을 밝혀낸다. '그레이 고스트'는 보이지 않는 전투 헬기로 사건이 일어나기 3일 전 강탈당한 상태로 헬기의 조종사는 여성자위대로는 처음 전투헬기 조종자격을 취득한 하이바라 레이란 인물. 골치덩어리 패트레이버 중대의 고토다 대장은 이 사건을 해결하기 위해 특차2과 멤버들을 레이버 없이 적들의 기지에 불법으로 침투시키기에 이르는데...